正确答案 ：C

解析

〔答案〕C。金标尺解析：本题考查削弱型推理。
论点：此方案会调动员工工作的积极性；
论据：对完成工作任务的员工基础工资增加10%，一段时间过后，发现甲公司的员工作完成量大大增加。
A项：指出甲公司的工资制度和其他公司存在差异，也就意味着，这个激励制度在其他公司不一定能调动员工积极性，可以削弱，排除；
B项：指出在甲公司仍有员工积极性不高，举反例说明该措施没有提高员工积极性，能削弱，排除；
C项：指出激励制度带来的不利后果，但是与该制度是否能提高员工积极性无关，不能削弱，当选；
D项：指出在改革初期员工的积极性都会提升，也就意味着可能不是该制度起的作用，而是因为处在改革初期，能削弱，排除。
故本题答案为C。
【注意】本题为选非题，请考生注意题干要求。