正确答案 ：A

解析

首先观察选项确定首句，⑤句“哲学发端于······”即介绍哲学的起源，②句“事物一经哲学思维过滤就能呈现出本质性和深刻性”是在介绍哲学的作用，对比②⑤两句，应该先介绍哲学的起源，再介绍其作用，故⑤句在②句前，排除C、D两项。接着观察句子可知，⑤②①三句均在论述哲学“揭示本质”这一特征，应捆绑在一起，而⑥句中“哲学魅力还表现”，“还”说明为哲学的另外一个魅力，故⑥句应在①句之后，对应A项。
故正确答案为A。