正确答案 ：D

解析

本题考查仲裁法。
当事人对仲裁协议效力有异议的，应当在仲裁庭首次开庭前提出，在首次开庭前未对仲裁协议效力提出异议的，仲裁委有权对案件进行仲裁。本案水天公司在仲裁委首次开庭时未出庭，而是在第二天向法院申请确认仲裁协议无效，明显是没有在首次开庭前提出异议，故仲裁委员会有权继续进行仲裁，而后水天公司也不得以仲裁协议无效等原因申请法院确认或者申请撤销或不予执行仲裁裁决。故本题答案为D。