正确答案 ：A

解析

本题考查行文关系。
国务院与省人民政府、自治区人民政府之间的关系是直接隶属关系，国务院领导省人民政府和自治区人民政府。故本题答案为A。
B、C项：均是不相隶属的关系。
D项：X省财政厅和X市人民政府属于平行关系，其直接上级都是省政府。