正确答案 ：C

解析

本题考查中特理论体系。
1999年3月，全国人大九届二次会议将邓小平理论作为国家的指导思想写入宪法。故本题答案为C。
A项：不符合题意。1997年9月，党的十五大将邓小平理论作为党的指导思想写入党章。
B项：不符合题意。2004年3月，全国人大十届二次会议将“三个代表”作为国家指导思想写入宪法。
D项：不符合题意。2012年11月，党的十八大将科学发展观作为党的指导思想写入党章。