正确答案 ：D

解析

第一空和第二空，“在每个党员干部心理认同的轨迹上运行”是党员心理层面的内容，“行之久远”是预期的目标，其省略主语是开头的“新常态”“新要求”，前者是条件，后者是目标。A项和B项的“那么”如果填入第二空，则此句缺少句子成分，应该表述为“那么才能行之久远”或者“那么行之久远才有可能”，排除A项和B项。C项“不但……而且……”表示递进关系，原文的党员心理认同和新常态、新要求不能构成递进关系，不符合语境，排除。D项“只有……才能……”为条件关系，符合语境，保留。带入验证第三空，“不良作风、陈规陋习”是前面做法的反面结果，“否则”表示“如果不是这样，就……”，符合文意。故本题答案为D项。